Het hangt er vanaf hoe je boekhouding ingericht is: met het kasstelsel of met het facturatie stelsel. Als je het kasstelsel gebruikt dan hoef je in je administratie alleen maar op te geven wat je uitbetaald krijgt van PayPro. Omdat PayPro een geregistreerd betaaldienstverlener is, volstaat het om je inkomsten te verantwoorden met het transactieoverzicht dat je kan downloaden in "Mijn Transacties".
​
Als je als verkoper het facturatie stelsel gebruikt dan moet je je omzet verantwoorden met de verkoopfacturen die je van PayPro ontvangt. Bij elke verkoop wordt er een factuur verzonden van het verkoopbedrag en de transactiekosten. 

Je kunt ook altijd de module "BTW Boekhouding & Rapportage" aanzetten. PayPro's BTW module geeft een helder overzicht van de door u af te dragen en terug te vorderen BTW op de wijze zoals de Belastingdienst weergeeft.